传统的职能式企业组织架构，自有它的应用范围和优势，但我们发现企业的很多流程不仅仅靠一个部门来完成，更多的是企业部门间的协同合作，特别是有些企业还存在着跨地域的合作，如采购流程，它涉及到生产部门、采购部门。库管部门。财务部门。商务部门。合同签署中的法律部门以及企业的高层管理部门。如果我们还以传统的职能部门的思维考虑流程，就可能患“近视眼”。注重部门利益忽视企业利益。重视部门上司的感觉忽视实效，并且还容易导致部门之间权责不清的灰色地带。而作为企业的业务流程存在着各业务部门的天然联系，其流畅的业务处理是需要各部门以企业的利益为最高利益，协同工作。
业务流程管理系统以流程处理为面向，自动地串起各部门，即利用先进的互联网技术串起各地域，达到业务流程良好完成的目的，并且企业的很多高管人员的意识已远远超出一套业务流程管理系统，更多的希望凭借这样的系统，形成企业协同工作的团队意识，配合完成自己的企业文化。